2004-02-02

• class Displayer: Enhancement: shows both trace and current position
  
• works fine without BufferedImage, except small refreshing problems with BeanPeelerPane
  
• J'ai implémenté le double-buffering de façon "classique" , par l'utilisation de la classe BufferedImage, dans laquelle on trace, puis on appelle Graphics.drawImage(), comme dans "Advanced animation" dans Java examples in a Nutshell.
  C'est versionné 1.14 dans CVS, classe MultipleModelsApp. En changeant le membre usingBufferedImage_ on peut brancher/débrancher ce double-buffering . Et j'ai fait des mesures de performance. On le voit déjà à l'oeil, mais le verdict est clair: le double-buffering est QUATRE FOIS PLUS LENT!
  Il me semble que c'est un souhait très naturel de pouvoir exploiter le buffering *qui existe déjà* pour faire de la rémanence. D'ailleurs ça marche, à part des scories graphiques que je limite un peu en mettant les boutons au Sud. Ca marche aussi si on met un JMenuBar, mais alors on peut plus avoir de boutons, il faut forcément avoir des JMenu déroulants .
  

2004-02-01

A FAIRE avant la livraison EcoloSim 0.1

• sauver et relire la définition de la simulation (instance de IterativeSimulationChoiceWrapper) en XML avec XMLEncoder
  
• dans l'application principale IterativeSimulationChoiceWrapper, supprimer l'appel à DemoSimulationFactory
• effacement du tracé quand on appuie sur "Restart"
• si possible résoudre le problème des boutons fantômes; au moins, poser le problème sur le newsgroup anglophone et à Ivan W.;
  
• essayer Timer
  
• vérifier que tous les paramètres des modèles sont bien accessibles en tant que propriétés JavaBean
• idem pour les paramètres des traiteurs de résultats
• ajouter un LISEZMOI et un README.
  
• ajouter cible dist dans build.xml

Exercices pour mars

• faire tourner training.AppletGetSize
• quand est-ce que paint() est appelé?
  

2004-01-29

Réglages de la Liste de discussions par courrier électronique

Architecture: initialisation

1. les modèles, c'est à dire le comportement des individus (actuellement interface Individual);
2. la population, alias "troupeau", c'est à dire la liste des individus avec leur comportement (classe implementant l'interface Individual) et leurs propriétés (paramètres);
   
3. l'état initial, c'est à dire la valeur initiale pour la population de tout ce qui est susceptible de varier au cours du temps (au premier chef les coordonnées)
4. l'avancement du temps, actuellement une boucle infinie avec un pas constant de 1
5. le terrain, c'est à dire les valeurs possibles des coordonnées (donc a priori un sous-ensemble de R²); il doit offrir aux modèles Individal des services permettant de savoir si on se rapproche du bord; il pourrait contenir des ressources partagées par les modèles e.g. nourriture végétale

2004-01-28

FAIT

• Corrigé les bugs de BeanPeelerPane, l'entrée des données générique (éditeur des propriétés JavaBean)
• Corrigé build.xml
  

Initialisation - suite aux questions posées sur le forum sur sf.net

Manuel d'analyse numérique

2004-01-27

Et il y a quelques questions de conception ... par exemple, la dépendance de ResultProcessor sur Graphics2D est malheureuse si on veut du MVC, et pas forcément 
nécessaire.

1. l'application doit appeler TOUS les traiteurs APRES chaque pas de temps;
2. les traiteurs ne modifient pas l'état des individus

2004-01-26

• travaillé sur l'entrée des données générique (éditeur des propriétés JavaBean), qui fonctionne avec des groupes (n individus ayant le même modèle et les mêmes paramètres); en fait l'entrée des données est un point complexe: supposons qu'on veuille initialiser le troupeau avec une certaine densité de probabilité, et pense que des cas d'utilisation comme ça il y en a des tas !
  
• encapsuler paramètres simulation
• ajouter $HEADER$ dans tous les sources
• remarque sur les test unitaires:
  

  > Pas toujours facile de tester une appli.
  > graphique (je sais il y a /Abbot/ <http://abbot.sourceforge.net/> Java
  > GUI Test Framework). Quand aux algos, même déterministes, il donnent
  > des résultats qui ne sont pas évidents à caractériser. 
  

• Remarque de Laurent Bossavit:
  

   Comme tu l'avais évoqué, il y a moins de tests unitaires que je n'en 
  attendrais. Ca peut compliquer le refactoring... Et il y a quelques 
  questions de conception qui, je pense, seraient éclairées par une 
  orientation test-first; par exemple, la dépendance de ResultProcessor 
  sur Graphics2D est malheureuse si on veut du MVC, et pas forcément 
  nécessaire.
  
  > J'ai voulu avoir une seule interface pour tous les traitements de 
  > données. Si c'est stocker des statistiques à chaque pas de pas, tout 
  > simplement on ne tient pas compte de cet argument Graphics2D .
  

  
  Mais si tu veux faire, par exemple, de la 3D ?
  

  Je suis sensible à cet argument.
  Et en plus EcoloSim est conçu pour pouvoir travailler en N dimensions.
  
  Mais comment faire pour:
  - avoir des Traiteurs de Données branchables et débranchables de façon uniforme
  - éviter de vilains cast si on a besoin de contextes 2D, 3D, de différents environnements graphiques ou pourquoi pas réseau
  
  Un modèle visiteur ?

2004-01-24

• problème pour faire le javadoc avec les sources de J.P. Treuil avec des identifiants avec des accents Français ==> mis à jour la cible "javadoc" dans le build.xml
• ajouté des explications dans le source: classes IterativeSimulation etc
• classe MultipleModelsApp : je prépare le terrain pour la classe dérivée MultipleModelsAppWithEditor
• j'éclate initCoords(): je sépare la création du troupeau de l'initialisation aléatoire qui est dans setDefaultIndividuals()
• ajouté setSimulation(IterativeSimulation simul) qui permet de fixer la Simulation qui ne sera plus initialisée en dur
  
• classe MultipleModelsAppWithEditor : l'éditeur des propriétés JavaBean apparait dans une autre fenêtre
  

2004-01-23

• MultipleModelsApp
  
• IterativeSimulationImpl    // In case a model wants to add/remove a model from the simulation
  voir :
  http://java.sun.com/j2se/1.4.2/docs/api/java/util/List.html#listIterator()
• DelegateWithReproduction : initialiser correctement les nouveaux animaux, c'est à dire à côté du "parent"
• MultipleModelsAppWithEditor : édition des paramètres de la simulation avec l' éditeur générique BeanPeelerPane :
  
• remarquer comment l'ajout de la fonction applicationSpecificControls( JPanel container ) permet de réutiliser par héritage 90% du code de MultipleModelsApp; MultipleModelsAppWithEditor est toute petite maintenant
  

2004-01-22

Search results for ecology simulation

Project Name	Description	Files	Activity %
EcoloSim - Ecology Simulation Framework	EcoloSim is a Simulation Framework for simple spatial models in biology and ecology, in Java. Typical problems are behavior of a herd of cattle, growth of microbe cells and other populations.		57.88%
SLIE agent modelling software	The SLIE agent modelling software allows researchers in MAS (Multi-Agent Systems) to build simulations of MASes with a view to exploring design problems relating to scalability and robustness using techniques from ecology, biology and economics.
MOR_Project 4th Edition	FARPG engine, that use distributed computing to run simulations of ecology & economics (core & world engines), also planned are NN AI(NPC & politics thru leaders [co]interaction) & realistic rpg.sys in dev since 1996

Les pages Web essentielles pour travailler avec Java

Liens divers

• la documentation intégrée à eclipse est très bien, mais c'est en anglais
• un didacticiel en Français, assez complet : http://perso.wanadoo.fr/jm.doudoux/java/dejae/indexavecframes.htm
• un site en Français entièrement consacré à eclipse : http://www.eclipsetotale.com/

2004-01-21

ecolosim.zip

1. édition des paramètres de la simulation avec BeanPeelerPane
2. création / destruction d'individus : problème pour créer / détruire au milieu de la boucle sur la List
   

Exercice 10 : dessiner en mémoire (sur un bitmap) pour pouvoir avoir un rafraîchissement même si la fenêtre a été cachée

Exercice 9 : terminer la simulation. pouvoir appliquer un critère de terminaison de la simulation

Exercice 8 : équations différentielles. Analogue à Simulation, on aura une interface Java pour des modèles s'exprimant avec une équation différentielle ordinaire. Plus précisément, chaque individu élémentaire i sera représenté par un vecteur Xi dont les premières composantes seront les coordonnées spatiales. Le système différentiel sera:

dXi/dt = F(X, t) i=0, N-1

Où F est une fonction du vecteur X de tous les individus élémentaires.

Pour un individu élémentaire aussi bien que pour le système entier, on s'inspirera de l'interface ecolosim.numeric.FunctionRn1 pour créer DifferentialIndividual analogue à Individual. Pour la résolution, on utilisera ecolosim.numeric.RungeKutta .

Il faut aussi imaginer une interface DifferentialSimulation analogue à IterativeSimulation pour rassembler les modèles élémentaires et générer le système différentiel global à partir des modèles élémentaires. Cette interface DifferentialSimulation sera implementée par DifferentialSimulationImpl .

Enfin il faut une application graphique analogue à MultipleModelsApp, disons DifferentialModelsApp, qui va montrer les trajectoires.

Exercice 7 bis : initialisation avec de multiples modèles. Pour chacun des types de modèles disponibles, on permettra à l'utilisateur de saisir :

• le nombre d'exemplaires
• les propriétés du modèle

Exercice 7 : introduire BeanPeelerPane dans la fenêtre MultipleModelsApp pour éditer les propriétés du modèle

Exercice 6 : pouvoir modifier en temps réel l'effectif de la population. Pour cela on modifiera l'interface Individual:

public void runModel(IterativeSimulation population);

et on ajoutera dans IterativeSimulation :

public Individual[] getIndividuals();

Pour tester on implémentera 2 comportements:

1. avec une certaine périodicité, les individus se dédoublent
2. quand la distance entre 2 individus devient trop faible, un des deux mange l'autre

Exercice 5 : pouvoir lire un fichier tabulaire de positions initiales : on créera une classe utilitaire CSVBridge, avec une méthode :

Simulation createSimulation ( String fileName, Class modelClass)

On ajoutera un bouton "Read initial position" dans l'application MultipleModelsApp

Exercice 4 :

Créer un "emballage" (wrapper) autour de deux classes Individual qui va ajouter les vecteurs déplacements de ces 2 modèles.

On l'appelera VectorAddWrapperModel.

Pour tester on "ajoutera" SimpleAgregationModel et RandomSimpleModel .

Je suggère le squelette suivant où l'on peut "ajouter" un nombre quelconque de modèles :

package ecolosim.simu.models;

public class VectorAddWrapperModel implements Individual {

 public addDisplacement(Individual model) {

   //????

 }

}

Exercice 3 bis : créer une classe prédateur simple, SimplePredatorModel, qui suit le plus proche non-prédateur. On pourra utiliser une interface "marqueur" Predator.

Exercice 3 : raffiner la classe précédente pour faire un barycentre des animaux qui sont à l'intérieur d'un cercle de rayon R. Ce rayon R sera donné par une méthode setVisibilityRadius(double r) .

On l'appelera SimpleAgregationWithVisibilityModel.

Exercice 2 bis : Refactoring: pendant qu'on y est, dans l'application MultipleModelsApp, on remplacera :

Individual modeles[];

par :

IterativeSimulation simul = new IterativeSimulationImpl();

et on supprimera :

Displayer[] afficheurs;

en conséquence, dans afficherPoints() on appelera :

simul.process((Graphics2D)g);

NOTE: Si on veut créer des afficheurs personalisés en fonction du type de modèle et de ses propriétés, il convient de sous-traiter ça à un DisplayerManager.

2004-01-20

Exercice 2 : faire une classe qui modélise une attraction vers le barycentre du troupeau.

Suggestion:

• étendre IndividualAbstract
• utiliser la classe Barycenter

Exercice 1 : faire une classe qui calcule un barycentre, qui sera utilisé ainsi :

Barycenter b = new Barycenter();

double v[] = {1, 2};

double w[] = {2, 1};

b.add(v, 1);

b.add(w, 1);

System.out.println(

b.getResult()[0] + ", " +

b.getResult()[1] );

Solution:
http://pc-ls2-75/solutions/2004/

package ecolosim.numeric;

/**

* @author Administrateur

* 20 janv. 2004

*/

public class Barycenter {

public void add(double v[], double coef){

//???????

}

public void clear(){

//??????

}

public double[] getResult(){

////?????

return null;

}

}

2004-01-19

Inscriptions de chacun d'entre nous à Sourceforge.

Exercice 1-2.: Séparer la méthode itérative dans une classe à part :

Exercice 1-1.: Appliquer une méthode itérative pour trouver le point fixe de la fonction x--->a/x .

2004-01-18

• initialisation des modèles
• modèles de terrain avec obstacles
  

2004-01-17

 simu-animals.zip        17-Jan-2004 11:59    45k

HOWTO (comment faire): créer son modèle et le visualiser

1. implémenter l'interface ecolosim.simu.base.Individual; pour cela le plus commode est d'étendre IndividualAbstract et d'implémenter runModel(), qui représente un pas de temps pour un individu. On pourra aussi bien sûr s'inspirer des modèles qui existent dans le paquetage ecolosim.simu.models.
2. copier et modifier l'application MultipleModelsApp (mal nommée car telle quelle permet un seul modèle). Changer typeUniforme_ avec le nom du modèle créé en 1.
3. éventuellement changer les réglages:  tailleX_, tailleY_, N
4. à titre d'exercice, introduire dans l'application créée à l'étape 2. un formulaire de saisie pour le modèle, grâce à la classe ecolosim.beans.BeanPeelerPane; il faut avoir dans son modèle une ou plusieurs propriétés au sens JavaBean

Logiciels réutilisés

• pollo,
  
• beanshell,
  
• ant
• JUnit,
  
• CVS,
  
• JFreeChart ou PtPlot,
• alma
  

2004-01-16

• une home page
• les liens
  
• la base CVS
  

• parcourir les sources Java avec Browse CVS
• voir sur CVS Repository comment télécharger les sources Java avec CVS en ligne de commande sur une fenêtre de commandes Cygwin.

2004-01-15

La recette pour télécharger sur le site sourceforge.net :

rsync --rsh=/usr/bin/ssh * \

jmvanel@shell.sourceforge.net:/home/groups/e/ec/ecolosim/htdocs

On peut aussi avoir un shell en faisant :

ssh -X jmvanel@shell.sourceforge.net

Je remplis la base CVS :

# cd /home/jmv/ird-import

# ls

ecolosim

# cvs -d:ext:jmvanel@cvs.sf.net:/cvsroot/ecolosim \

import -m "Initial import." src jmvanel start

Le contenu de mon répertoire ecolosim apparaîtra donc comme src/ecolosim dans la base CVS du projet EcoloSim.

Les infos de base pour utiliser les services d'hébergement Web, bases de données et shell de sourceforge.net :

https://sourceforge.net/project/admin/prweb.php?group_id=99483

Toute les doc. utilisateur et développeur sont là (appuyer sur GO) :

https://sourceforge.net/docman/index.php?group_id=1

Mon troisième projet sur sf.net !!!!!!!!!!!!!! http://sourceforge.net/projects/ecolosim/

EcoloSim is a Simulation Framework for simple spatial models in biology and ecology, in Java. Typical problems are behavior of a herd of cattle, growth of microbe cells and other populations.

2004-01-14

2004-01-13

• simeco ecology simulation: RIEN avec ces trois, mais le nom est largement pris
  
• ecosim ecology simulation: idem
• simAgent : 246 réponses
• simuAgent : 3 réponses
• ecoAgent : 39 réponses
• ecoloSim : RIEN
  

2004-01-06

1. faire une classe qui implémente  jmvanel.simu.base.ResultProcessor (qui représente une stratégie d'exploitation de résultats ) et qui dessine des courbes correspondant aux résultats; l'ajouter dans AppliLigneDeCommande pour tester
2. faire une classe qui implémente jmvanel.simu.base.ResultProcessor et qui représente une accélération constante dirigée vers le centre de gravité du "troupeau"
3. ajouter dans les propriétés du modèle  jmvanel.simu.models.RandomSimpleModel le nombre d'individus
4. vérifier que l'écart en fonction du temps pour le modèle aléatoire jmvanel.simu.models.RandomSimpleModel est bien en racine de t; pour cela on pourra créer une classe  AjustementRacine qui implémente jmvanel.simu.base.ResultProcessor et qui sort pour chaque pas et chaque animal le couple (t, distance/racine(t)), où distance est la distance à la position initiale; on modifiera jmvanel.simu.apps.AppliLigneDeCommande.

2004-01-05

• mis en vert ce qui a été fait,
• ajouté un premier programme pour la semaine prochaine en dernière page en séparant ce qui est générique Java et développement logiciel en général, et ce qui est pour étendre notre environnement de simulation d'êtres vivants 2D

jmvanel.beans.BeanPeelerPane

2003-21-12

• jmvanel/formation/
• jmvanel/simu/apps/
• jmvanel/simu/base/
• jmvanel/simu/models/
• numeric/